Obzirom na kompleksnost i složenost Projekta, na organizacijske, tehničke i financijske zahtjeve, a naročito na veličinu investicije ocjenjeno je neophodnim osnovati stručno tijelo za pripremu i realizaciju ovog jedinstvenog Projekta od interesa, ne samo za gradove i Županiju, već i za Republiku Hrvatsku. Stoga su Splitsko – dalmatinska županija, gradovi Split, Solin, Kaštela i Trogir, Hrvatske vode i Vodovod i kanalizacija d.o.o. Split osnovali Agenciju Eko Kaštelanski zaljev sa zadatkom pripreme i izgradnje predloženih objekata. Agencija je dobila zeleno svjetlo za ekipiranje i početak rada u travnju 1998. godine. Sve poslove koje Agencija obavlja po ugovoru o osnivanju radi u ime i za račun investitora Vodovoda i kanalizacije d.o.o. Split.
EKO-KAŠTELANSKI ZALJEV, agencija za realizaciju integralnog projekta zaštite Kaštelanskog zaljeva - podprojekta no. 1 odvodnja i pročišćavanje otpadnih voda i vodoopskrba, ustanova, Split obavlja sljedeće djelatnosti:
- realizaciju integralnog projekta zaštite Kaštelanskog zaljeva-odvodnje pročišćavanje otpadnih voda i vodoopskrba (EKO projekt i drugih građevina vodoopskrbe i odvodnje otpadnih voda koji nisu u obuhvatu EKO projekta, projekti VIKa) u ime i za račun krajnjeg korisnika i investitora Vodovoda i kanalizacije d.o.o. Split, te realizacije izgradnje objekata komunalne infrastrukture u ime i za račun jedinica lokalne i područne samouprave i pravnih osoba koje su osnovane radi zadovoljavanja potreba u općem interesu, a financiraju se iz državnog proračuna, ili iz proračuna lokalne ili regionalne samouprave;
- realizaciju financijskog i dinamičkog plana realizacije projekata iz djelatnosti Agencije
- provođenje postupaka javne nabave u okviru projekata iz djelatnosti Agencije
- organizira i nadzire pripreme ne terenu za provedbu projekata iz djelatnosti Agencije
- organizira tehničke preglede i ishoduje sve potrebne dozvole za izgrađene objekte
- predaje u pravnom, tehničkom i financijskom smislu VIK-u Split na upravljanje izgrađene objekte
- uređuje sve pravne i financijske poslove u realizaciji projekata iz djelatnosti Agencije