Agencijom upravlja Upravno vijeće koje se sastoji od 11 članova. Po jednog člana Upravnog vijeća imenuju:
- Vlada Republike Hrvatske
- Hrvatska banka za obnovu i razvitak - HBOR
- Županija splitsko – dalmatinska
- Grad Split
- Grad Solin
- Grad Kaštela
- Grad Trogir
- Vodovod i kanalizacija d.o.o. Split
- Radničko vijeće EKO Agencije
- te dva člana Hrvatske vode