Na početku rada EKO Projekta planirano je da sva tri podsustava budu gotovi u približno istom vremenu. Međutim, zbog protivljenja dijela stanovništva predmetnoj lokaciji uređaja za pročišćavanje i lokaciji hidrotehničkog tunela izgubilo se preko tri godine. Poslije toga razmatrano je desetak varijanti, izvršen je izbor i usvojen je konačan koncept Kanalizacijskog sustava Kaštela – Trogir. Rezultati provedenih analiza pokazali su da je u novonastalim uvjetima ostvarljiva i prihvatljiva varijanta kanalizacijskog sustava Kaštela – Trogir s slijedećim objektima: Podsustav Kaštela, Podsustav Trogir, Podsustav Čiovo, Hidrotehnički tunel Čiovo, Centralni Uređaj za pročišćavanje otpadnih voda Divulje, Podmorski ispust Čiovo, Podmorski prijelaz kopno – Čiovo, Podsustav dodatnih elemenata, Hidromehanička oprema, Sustav daljinskog nadzora i upravljanja. Ukupan kapacitet Kanalizacijskog sustava Kaštela – Trogir je 160.000 ES (ekvivalent stanovnika). Otpadne vode ovog područja se nakon tretmana na Centralnom Uređaju za pročišćavanje otpadnih voda Divulje prebacuju podmorskim prijelazom, tunelom kroz Čiovo i naposljetku podmorskim ispustom u otvoreno more Splitskog kanala. U cilju optimalizacije cjelokupnog sustava, odnosno što većeg područja kanalizacijskog obuhvata, izgradila se i dodatna kanalizacijska mreža gradova Kaštela i Trogira. Ista omogućava povoljniji režim rada samog uređaja i svih ključnih objekata.